企业股份制改造过程中，由有限责任公司整体变更为股份有限公司时，除注册资本外的资本公积、盈余公积及未分配利润转增股本，涉及到税收缴纳问题，具体可以分以下几种情况：
一、资本公积、盈余公积及未分配利润中属于居民企业股东的部分
1、股本（权）溢价形成的“资本公积”转增居民企业股本
股票(权)溢价发行形成的资本公积金转增股本，不属于利润分配，而是股东的原始投入的不同形式转换，因此，居民企业股东不需缴纳企业所得税。
2、用非股本溢价所形成的“资本公积”和留存收益（含盈余公积和未分配利润）转增资本
用非股本溢价所形成的“资本公积”和留存收益（含盈余公积和未分配利润）转增资本进行转增时，应视同利润分配。但根据《企业所得税法》及其实施条例的规定，“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益”为免税收入。因此，企业分回2008年1月1日以后形成的利润，分回股利企业不需缴纳税款。
同时，《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税[2009]69号）规定，“2008年1月1日以后，居民企业之间分配属于2007年度及以前年度的累积未分配利润而形成的股息、红利等权益性投资收益”也是属于免税收入。因此居民企业之间利润分配时，不管是否存在税率差，居民企业股东均不需要补缴所得税差额部分。
二、资本公积、盈余公积及未分配利润中属于非居民企业股东的部分
1、股票(权)溢价发行形成的资本公积金转增股本，不属于利润分配，非居民企业股东也不缴纳企业所得税。
2、用非股票溢价形成的“资本公积”和留存收益（含盈余公积和未分配利润）转增股本，应视同利润分配。这种情况下，非居民企业是否纳税分两种情况。
1）“在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益”为免税收入。因此，这类非居民企业股东在上述条件下不缴纳企业所得税。但须注意对“在境内设立机构和场所”、“取得的股息、红利与该机构场所有实际联系”适用条件必须符合《企业所得税法》及其实施条例的规定。
2）“非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税”。这类非居民企业从居民企业取得利润分配额，属于取得来源于中国境内的“股息、红利等权益性投资所得”，按照“应纳税所得额 X 实际征收率”缴纳企业所得税，由利润分配企业代扣代缴。实际征收率是指《企业所得税法》及其实施条例等相关法律法规规定的税率，法定税率为20%，实际税率为10%；或者税收协定规定的更低的税率（如香港为5%）。
同时，《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）规定，“2008年1月1日之前外商投资企业形成的累积未分配利润，在2008年以后分配给外国投资者的，免征企业所得税；2008年及以后年度外商投资企业新增利润分配给外国投资者的，依法缴纳企业所得税。”因此，针对上述外商投资企业的外国投资者股东，公司整体变更时留存收益以及应纳税的其他资本公积总额，可扣除2008年1月1日之前形成的累计未分配利润后计算应纳税所得额。
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